I alle våre prosjekter bruker vi prøver fra og opplysninger om pasienter for å forstå disse komplekse sykdommene bedre og identifisere sider ved dem som kan utnyttes for bedre diagnostikk, behandling eller oppfølgning.

I to nye prosjekter studerer vi arvelige risikovarianter som kan gi stor risiko for sarkom, og, på bakgrunn av en intervjuundersøkelse med pasienter i NoSarC-prosjektet, arbeider vi med prosedyrer som kan velge ut hvilke av disse variantene som vi vet nok om til å melde tilbake til pasienten, og hvordan dette bør gjøres.

I et annet prosjekt studerer vi om pasientene i NoSarC har antistoff rette mot kreftcellene, og om disse kan utnyttes i nye former for immunterapi.

Trykk på ⋁-tegnet i venstremenyen for å lese om de andre prosjektene.

I 2011 ble vi med på en internasjonal studie av arvestoffets struktur i prøver fra noen av Radiumhospitalets pasienter med osteosarkom (ondartede bensvulster). Dette var en forlengelse av vårt samarbeid i det europeiske «Network of Excellence on Bone Tumours», der vi var av de få som hadde en høykvalitetssamling av prøver fra slike pasienter, som var samlet over flere år av ortopedene. I dette prosjektet skulle hele arvestoffet (DNAet, to ganger 3 milliarder byggesteiner) analysert i både blod og svulst og sammenlignet for hver pasient. Vi innhentet derfor samtykke fra de aktuelle pasientene, og ba også om en blodprøve fra hver.

Dette er svært kostbare analyser, og mange av svulstprøvene hadde ikke høy nok kvalitet, det kunne være lite kreftvev i dem, eller arvestoffet kunne være ødelagt pga innsamlings- eller lagringsprosdyerene, men vi fikk med 27 slike par med svulst- og blodprøver. Resultatene har bidratt til flere meget høyprofilert vitenskapelige artikler, og både data og prøver er ennå til stor nytte i nye prosjekter.

Dette var den opprinnelige artiklen der resultatene fra våre pasienter ble presentert:

Behjati S, Tarpey PS, Haase K, Ye H, Young MD, Alexandrov LB, Farndon SJ, Collord G, Wedge DC, Martincorena I, Cooke SL, Davies H, Mifsud W, Lidgren M, Martin S, Latimer C, Maddison M, Butler AP, Teague JW, Pillay N, Shlien A, McDermott U, Futreal PA, Baumhoer D, Zaikova O, Bjerkehagen B, Myklebost O, Amary MF, Tirabosco R, Van Loo P, Stratton MR, Flanagan AM, Campbell PJ (2017) Recurrent mutation of IGF signalling genes and distinct patterns of genomic rearrangement in osteosarcoma Nature Communications 23:15936 doi: 10.1038/ncomms15936 

Resultatene har videre bidratt i disse store samarbeidsartiklene:

The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium [Incl Bjerkehagen B, Myklebost O, Zaikova O] (2020) Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 578:82–93 doi:10.1038/s41586-020-1969-6 

Ju YS, Tubio JMC, Mifsud W, Fu B, Davies HR, Ramakrishna M, Li Y, Yates L, Gundem G, Tarpey PS, Behjati S, Papaemmanuil E, Martin S, Fullam A,Gerstung M, ICGC Prostate Cancer Working Group, ICGC Bone Cancer Working Group, ICGC Breast Cancer Working Group, Nangalia J, Green AR, Caldas C, Borg Å, Tutt A, Ta M, Lee M, van’t Veer LJ, Tan BKT, Aparicio S, Span PN, Martens JWM, Knappskog S, Vincent-Salomon A, Børresen-Dale AL, Eyfjörd JE, Myklebost O, Flanagan AM, Foster C, Neal DE, Cooper C, Eeles R, Lakhani SR, Desmedt C, Thomas G, Richardson AL, Purdie CA, Thompson AM, McDermott U, Yang F, Nik-Zainal S, Campbell PM, Stratton MR (2015) Frequent somatic transfer of mitochondrial DNA into the nuclear genome of human cancer cells. Genome Research 25:814-24. doi: 10.1101/gr.190470.115. 

Tubio JMC, Li Y, Ju YS, Martincorena I, Cooke SL, Tojo M, Gundem G, Pipinikas CP, Zamora J, Raine K, Menzies A, Roman-Garcia P, Gerstung M, Shlien A, Tarpey PS, Papaemmanuil E, Knappskog S, Van Loo P, Ramakrishna M, Davies HR, Marshall J, Wedge DC, Teague JW, Butler AP, Nik-Zainal S, Alexandrov L, Behjati S, Yates LR, Bolli N, Mudie L, Hardy C, Martin S, McLaren S, O’Meara S, Andreson E, Maddison M, Gamble S, ICGC Breast Cancer Group, ICGC Bone Cancer Group, ICGC Prostate Cancer Group, Foster C, Warren AY, Whitaker H, Brewer D, Eeles R, Cooper C, Neal D, Lynch AG, Visakorpi T, Isaacs WB, van’t Veer L, Caldas C, Desmedt C, Sotiriou C, Aparicio A, Foekens JA, Eyfjörd JE, Lakhani SR, Thomas G, Myklebost O, Span PN, Børresen-Dale AL, Richardson AL,van de Vijver M, Vincent-Salomon A, van den Eynden GG, Flanagan AM, Futreal PA, Janes SM, Bova GS, Stratton MR, McDermott U, Campbell PJ (2014) Extensive transduction of non-repetitive DNA mediated by L1 retrotransposition in cancer genomes.  Science 345 no. 6196 DOI: 10.1126/science.1251343 

Behjati S, Tarpey PS, Presneau N, Pillay N, Van Loo P, Wedge DC, Cooke SL, Gudem G, Davies H, Nik-Zainal S, Gamble J, Hardy C, Latimer C, Maddison M, Martin S, McLaren S, Mudie L, O’Meara S, Robinson B, Butler A, Teague JW, Kathri B, Halai D, Myklebost O, Baumhoer D, Jundt G, Tirabosco R, Amary F, Futreal PA, Stratton MR, Campbell PJ, Flanagan AM (2013) Distinct H3F3A and H3F3B driver variants define chondroblastoma and giant cell tumour of bone. Nat Genet45:1479-82. doi: 10.1038/ng.2814 

For tiden bruker vi en del av disse resultatene i et prosjekt der vi prøver å forstå hvorfor noen sarkomtyper og hvilke enkeltsvulster responderer på immunterapi og andre ikke, i et prosjekt finansiert av Norges Forskningsråd. Det viste seg i en amerikansk klinisk utprøving der både bløtvevs- og bensarkomer ble behandlet med immunsjekkpunkthemmeren pembrolizumab (SARC028) at bare en osteosarkompasient fikk respons, mens en rekke pasienter med bestemte typer bløtvessarkom responderte.